Pada waktu Sultan Hadiwijaya berkuasa di Pajang, KiAgeng Pemanahan dilantik menjadi Bupati di Mataram sebagai imbalan ataskeberhasilannya membantu menumpas Aria Penangsang. Sutawijaya, putra Ki AgengPemanahan diambil anak angkat oleh Sultan Hadiwijaya. Setelah Ki AgengPemanahan wafat pada tahun 1575 M, Sutawijaya diangkat menjadi bupati diMataram. Setelah menjadi bupati, Sutawijaya ternyata tidak puas dan inginmenjadi raja yang menguasai seluruh Jawa, sehingga terjadilah peperangan sengitpada tahun 1528 M yang menyebabkan Sultan Hadiwijaya mangkat. Setelah ituterjadi perebutan kekuasaan di antara para Bangsawan Pajang dengan pasukanPangeran Pangiri yang membuat Pangeran Pangiri beserta pengikutnya diusir dariPajang, Mataram. Setelah suasana aman, Pangeran Benawa (putraHadiwijaya) menyerahkan takhtanya kepada Sutawijaya yang kemudian memindahkanpusat pemerintahannya ke kotagede pada tahun 1568 M. Sejak saat itu berdirilahKerajaan Mataram.

Dalam menjalankan pemerintahannya, Sutawijaya, RajaMataram banyak menghadapi rintangan. Parabupati di pantai utara Jawa seperti Demak, Jepara, dan Kudus yang dulunyatunduk pada Pajang memberontak ingin lepas dan menjadi kerajaan merdeka. Akantetapi, Sutawijaya berusaha menundukkan bupati-bupati yang menentangnya danKerajaan Mataram berhasil meletakkan landasan kekuasaannya mulai dari Galuh(Jabar) sampai pasuruan (Jatim).

Setelah Sutawijaya mangkat, tahta kerajaan diserahkanoleh putranya, Mas Jolang, lalu cucunya Mas Rangsang atau SultanAgung. Pada masa pemerintahan Sultan Agung, muncul kembali para bupati yangmemberontak, seperti Bupati Pati, Lasem, Tuban, Surabaya, Madura, Blora, Madiun, danBojonegoro.

Untuk menundukkan pemberontak itu, Sultan Agungmempersiapkan sejumlah besar pasukan, persenjataan, dan armada laut sertapenggemblengan fisik dan mental. Usaha Sultan Agung akhirnya berhasil padatahun 1625 M. Kerajaan Mataram berhasil menguasai seluruh Jawa, kecuali Banten,Batavia, Cirebon,dan Blambangan. Untuk menguasai seluruh Jawa, Sultan Agung mencoba merebut Batavia dari tanganBelanda. Namun usaha Sultan mengalami kegagalan.

Kehidupan masyarakat di kerajaan Mataram, tertatadengan baik berdasarkan hukum Islam tanpa meninggalkan norma-norma lama begitusaja. Dalam pemerintahan Kerajaan Mataram Islam, Raja merupakan pemegangkekuasaan tertinggi, kemudian diikuti oleh sejumlah pejabat kerajaan. Di bidangkeagamaan terdapat penghulu, khotib, naid, dan surantana yang bertugas memimpinupacara-upacara keagamaan. Di bidang pengadilan, dalam istana terdapat jabatanjaksa yang bertugas menjalankan pengadilan istana.

Untuk menciptakan ketertiban di seluruh kerajaan,diciptakan peraturan yang dinamakan anger-anger yang harus dipatuhi olehseluruh penduduk.

Kerajaan Mataram adalah kelanjutan dari KerajaanDemak dan Pajang. Kerajaan ini menggantungkan kehidupan ekonominya dari sektoragraris. Hal ini karena letaknya yang berada di pedalaman. Akan tetapi, Mataramjuga memiliki daerah kekuasan di daerah pesisir utara Jawa yang mayoritassebagai pelaut. Daerah pesisir inilah yang berperan penting bagi arusperdagangan Kerajaan Mataram.

Kebudayaan yang berkembang pesat pada masa KerajaanMataram berupa seni tari, pahat, suara, dan sastra. Bentuk kebudayaan yangberkembang adalah Upacara Kejawen yang merupakan akulturasi antara kebudayaanHindu-Budha dengan Islam.

Di samping itu, perkembangan di bidang kesusastraanmemunculkan karya sastra yang cukup terkenal, yaitu Kitab Sastra Gending yangmerupakan perpaduan dari hukum Islam dengan adat istiadat Jawa yang disebutHukum Surya Alam.

Kemunduran Mataram Islam berawal saat kekalahanSultan Agung merebut Bataviadan menguasai seluruh Jawa dari Belanda. Setelah kekalahan itu, kehidupanekonomi rakyat tidak terurus karena sebagian rakyat dikerahkan untukberperang.